We Have Numbers Of Free Samples

Abstrak

Pada studi ini, kami menggambarkan pengembangan dan penggunaan relational database yang didesain untuk mengatur data klinis dan radiologis pasien dengan tumor otak. Brain Tumor Database diimplementasikan menggunakan MySQL v.5.0, sementara graphical user interface (GUI) dibuat menggunakan PHP dan HTML, sehingga membuatnya mudah untuk diakses melalui browser web. Pendekatan berbasis web ini memperkenankan berbagai institusi untuk secara potensial mengakses database. BT Database dapat merekam informasi pasien tumor otak (misalnya, fitur klinis, atribut anatomi, dan karakteristik radiologis) serta digunakan untuk tujuan klinis dan penelitian. Alat-alat analitis untuk secara otomatis menghasilkan statistik dan plot yang berbeda juga disajikan. BT Database merupakan alat atau perangkat bebas/gratis yang sangat mudah untuk digunakan dengan berbagai macam kemungkinan aplikasi klinis dan penelitian pada bidang saraf (neurologi) serta bedah saraf. Source code dan manual graphical user interface (GUI) dari BT Database secara bebas/gratis tersedia pada http://tumorsdatabase.altervista.org.

Kata Kunci

tumor otak, MySQL, informasi pasien, relational database, pendekatan berbasis web

Latar Belakang

Tumor merupakan setiap massa yang disebabkan oleh pertumbuhan sel yang abnormal dan tidak terkontrol. Tumor di dalam otak dikategorisasikan berdasarkan berbagai faktor yang berbeda, termasuk tipe sel-sel yang terlibat, lokasinya, serta seberapa cepatnya mereka tumbuh.1 Seperti tumor lainnya, tumor otak (BT) tumbuh ketika sebuah sel normal mulai tumbuh secara abnormal di dalam otak dan melakukan replikasi dengan sangat cepat. Penurunan fungsi kognitif (misalnya, bahasa, memori, persepsi visual-spasial, orientasi ruang-waktu, serta fungsi utama) terjadi pada hampir seluruh pasien dengan BT dan pada akhirnya, berkompromi dengan ketergantungannya.2-3

Di antara kapabilitas yang diinginkan dalam pengobatan, kemudahan pengumpulan data dan analisis terhadap pasien yang menjalani pemeriksaan kesehatan di rumah sakit, seperti pasien dengan BT, adalah salah satu yang paling penting. Penggunaan database klinis merupakan sebuah metode yang mudah untuk mengumpulkan dan menampilkan data terkait pasien-pasien tersebut. Sekarang ini, database merupakan alat atau perangkat berharga dan penting yang memperkenankan pengumpulan dan pengambilan data pasien yang relevan.4-6 Contohnya, informasi personal mengenai pasien dengan BT, berikut dengan informasi seperti perumpamaan/perbandingan, pembedahan, diagnostik, dan terapi, dapat dimasukkan ke dalam database untuk memudahkan pekerjaan dokter dari sudut pandang klinis dan statistik. Standar yang menjamin akurasi informasi dan kemudahan akses terhadap data yang disimpan harus ada berdampingan dengan kriteria yang melindungi informasi kesehatan individu yang dapat diidentifikasi. Dalam organisasi sebuah database, dukungan bidang informatika untuk aplikasi medis adalah penting, khususnya ketika jumlah pasien tumbuh seiring dengan jumlah teknik diagnostik dan pengobatan yang berbeda.

Dalam studi ini, desain dan aplikasi sebuah relational database gratis/bebas untuk mengatur data pasien dengan BT digambarkan. Selain itu, kami membahas upaya-upaya untuk menyeimbangkan kemudahan akses dengan kemampuan membagi/menyebarkan dan mengambil informasi pasien BT, bersamaan dengan pemeliharaan/penjagaan informasi kesehatan personal (PHI).

Metode

Pengembangan dan Instalasi Database

MySQL v.5.07-8 merupakan relational database yang digunakan untuk mengembangkan BT Database (BT-DB). Bahasa pemrograman PHP v.5.2.99 dan HTML10 digunakan untuk membuat graphical user interface (GUI). MySQL merupakan suatu open source relational database management system (RDBMS) yang populer dan dapat diunduh dari http://mysql.com. PHP merupakan bahasa scripting untuk tujuan umum yang tersedia secara bebas (http://php.net/index.php) dan secara spesifik didesain untuk web yang memiliki kapabilitas luas untuk berinteraksi dengan RDBMS. GUI, yang diimplementasikan dengan menggunakan PHP dan HTML, memudahkan interaksi pengguna dengan database dengan membuatnya mudah untuk diakses melalui browser web yang tersedia secara umum. Sebuah file terkompresi yang berisi tutorial, instruksi mengenai instalasi, serta software yang diperlukan tersedia, berikut dengan database-nya, pada halaman utama BT-DB (http://tumorsdatabase.altervista.org).

Akses Database

PHI yang terdapat di dalam database harus dilindungi dengan upaya pengamanan terhadap akses tanpa izin. Oleh karena itu, diperlukan implementasi modalitas yang berbeda untuk mengakses database dengan tujuan-tujuan yang berbeda. Selain itu, kemudahan akses menuju database harus selalu dapat dilakukan dalam situasi darurat.

Pengguna diberikan username dan password dengan hak istimewa hingga tingkat tertentu. Berkaitan dengan hal ini, empat profil tingkatan hak istimewa yang berbeda diimplementasikan: Simple Consulter, Manajer, Administrator, dan Emergency Access.

1. Simple Consulter: tujuan utama dari Simple Consulter adalah untuk mengambil data untuk keperluan statistik dan penelitian. Sebenarnya, pengguna ini dapat menggunakan database tumor dan mesin pencarian di dalamnya untuk mengambil data klinis, tetapi tidak dapat memiliki akses untuk PHI. Username dan password yang memperkenankan akses dengan modalitas ini terbatas durasi sehingga dapat dibatasi dengan waktu yang diperlukan bagi sebuah institusi untuk meninjau proyek penelitian. Modalitas ini penting untuk membagi/menyebarkan data ke berbagai institusi tanpa menunjukkan PHI.
2. Manajer: pengguna ini diperkenankan untuk menginterogasi serta memasukkan data personal dan klinis ke dalam database. Selain itu, Manajer memiliki akses terhadap seluruh informasi personal pasien dan boleh menggunakan BT-DB untuk analisis klinis dan
3. Administrator: pengguna ini diperkenankan untuk mengakses database seperti yang dilakukan Manajer dan dapat pula mengakses alat/perangkat administrasi. Adinistrator dapat melakukan back-up terhadap BT-DB, mengganti username dan password pengguna lain, serta menambah profil baru
4. Emergency Access: dalam modalitas ini, penggunaan eksklusif oleh dokter dalam situasi darurat diberikan. Dengan password darurat, dokter dapat mengesampingkan pengamanan database untuk mengakses seluruh data, termasuk PHI.

Setiap akses terhadap BT-DB dipantau. Database secara otomatis mengisi text log file yang berisi catatan/rekaman historis dari transaksi dengan merekam username, tanggal, waktu, dan alamat IP dari komputer yang mengakses BT-DB.

Deskripsi BT-DB

BT-DB bebas/gratis dan dapat diinstal pada komputer dengan sistem operasi (OS) yang berbeda (misalnya, Windows, Linux, dan Mac). Dengan menggunakan username dan password yang spesifik, dimungkinkan untuk dapat mengakses menu utama dari BT-DB, yang menyediakan berbagai opsi berbeda, seperti penyisipan data pasien baru, alat/perangkat administrator, mesin pencarian, statistik, dan tumor engine. Fitur dan fungsi utama yang disediakan oleh BT-DB ditunjukkan pada Tabel 1.

Entri Data dan Query Pasien

Untuk meminimalisir resiko kesalahan dalam entri data, kami menerapkan batasan-batasan database yang memerlukan hubungan untuk memenuhi properti/sifat tertentu, seperti data wajib serta penggunaan check box, radio button, dan menu pulldown di setiap halaman web. Selain itu, user interface code mengurangi resiko ketidakakuratan entri data yang berkaitan dengan kesalahan manusia (misalnya, kesalahan pengetikan). Gambar 1 menunjukkan tampilan entri data pasien baru. Pada halaman ini, pengguna dapat memasukkan informasi personal pasien (misalnya, nama awal, nama akhir, tanggal lahir, jenis kelamin, dan nomor telepon) serta informasi tentang presentasi klinis. Pada halaman ini, beberapa data bersifat wajib (tanggal pemasukkan/penyisipan data, nama awal, nama akhir, dan tanggal lahir) dan harus diketik ketika informasi mengenai pasien baru pertama kali dimasukkan. Ketika pengguna berusaha untuk memasukkan nama awal, nama akhir, dan tanggal lahir dari pasien yang datanya telah ada di dalam database, pengguna akan diperingatkan bahwa data pasien telah tersimpan. Ketika data pasien baru secara benar dimasukkan ke dalam database, pengguna akan dapat mengambil semua data pasien dan klinis dengan menggunakan halaman query pada database (Gambar 2(a)).

Pada halaman query, pengguna dapat memvisualisasikan serta memperbaharui informasi personal pasien dan presentasi klinisnya. Selain itu, pengguna dapat pula memasukkan/menyisipkan, memodifikasi, dan menghapus data imaging yang berbeda (misalnya, Computerized Tomography (CT), Magnetic Resonance (MR) Imaging, MR spectroscopy, MR Imaging Blood Oxygen Level Dependent (BOLD), MR Diffusion Tensor Imaging (DTI), bedah medis, diagnosa histologis, dan terapi medis).

Tabel 1. Fitur dan Fungsi Utama yang Disediakan Oleh Brain Tumor Database (BT-DB)

(bersambung)

Tabel 1. (Bersambung)

CT: computed tomography; FLAIR: fluid-attenuated inversion recovery; r-CBV: relative cerebral blood volume; NAA/Cr: N-acertylaspartate/creatinine; TE: echo times; ADC: apparent diffusion coefficient; Cho/Cr: choline/creatinine ratio; ICD-O: International Classification of Disease for Oncology CODE; PC(V): procarbazine, lomustine, dan vincristine (PCV) chemotherapy

Sebuah dokumen PDF yang berisikan informasi spesifik mengenai pasien, termasuk gambar serta laporan klinis Digital Imaging and Communications in Medicine (DICOM), dapat dibuat dan dikelola melalui halaman ini. Beberapa contoh dari penyisipan data, seperti CT, bedah medis, dan terapi medis, ditunjukkan pada Gambar 2 (b) hingga (d). Hal ini berguna untuk menekankan bahwa entri variabel distandardisasikan di seluruh halaman database melalui penggunaan radio button, check box, dan menu pulldown.

Pada halaman diagnosis histologis (Gambar 3), pengguna boleh mencari tumor berdasarkan nama atau berdasarkan International Classification of Disease for Oncology (ICD-O) CODE, dan mengambil informasi penting, seperti tumor berdasarkan ICD-O CODE, klasifikasi World Health Organization (WHO), definisi tumor, dan tautan Wikipedia (http://www.wikipedia.org).

Gambar 1. Tampilan Entri Data Pasien Baru. Pengguna dapat memasukkan data personal untuk pasien baru dan presentasi klinisnya. * merupakan bagian yang harus diisi ketika data pasien dimasukkan untuk yang pertama kalinya.

Mesin Pencarian pada Database dan Statistik

Seorang pengguna memiliki kemampuan untuk mencari informasi pasien memanfaatkan dua pendekatan yang berbeda: berdasarkan nama awal atau nama akhir di dalam halaman utama BT-DB atau dengan menggunakan mesin pencarian pada database (Database Search Engine (DSE)) (Gambar 4 (a)). Dengan menggunakan DSE, pengguna dapat menginvestigasi, dengan metode penyaringan yang berbeda, konten/isi di seluruh bidang yang disertakan di dalam database untuk mengumpulkan informasi dalam rangka menjawab pertanyaan-pertanyaan klinis ataupun teknis. Kombinasi-kombinasi berbeda dari variabel-variabel juga dapat dimasukkan di dalam bagian pencarian dengan menggunakan Boolean logic. Ketika peneliti telah megambil data pasien, plot-plot yang berbeda dapat divisualisasikan dan statistik dihasilkan. Gambar 4 (b) hingga (d) menunjukkan tiga contoh yang berbeda dari plot-plot tersebut. Selain itu, seluruh statistik dapat diekspor menjadi file dengan format txt, untuk menghasilkan estimasi-estimasi yang lebih akurat dengan menggunakan paket-paket software statistik lain yang berbeda.

Menu Administator

Para pengguna dengan hak istimewa sebagai administrator dapat mengakses menu administrator. Alat/perangkat ini meperbolehkan administrator untuk mengganti atau menghapus username dan password, menambah pengguna baru, memberikan hak istimewa dalam mengakses dengan tingkatan yang berbeda, serta membuat backup dari seluruh data yang tersimpan di dalam database. Administrator menciptakan password darurat yang mengizinkan prosedur akses dalam situasi darurat. Selain itu, administrator merupakan satu- satunya pengguna dengan akses menuju log file yang merekam penggunaan database. Log file tersebut berisikan waktu dan tanggal dari setiap operasi, username, dan alamat IP dari komputer yang mengakses. Perlindungan terhadap keamanan sangat lah penting bagi database.

Gambar 2. (a) Tampilan query pasien. Opsi-opsi berbeda tersedia bagi pengguna: (1) menghapus pasien, (2) dokumen PDF dengan seluruh informasi personal dan klinis pasien, (3) manajemen file, melihat, dan memodifikasi, (4) informasi personal dan tanggal kematian, (5) presentasi klinis, (6) data imaging klinis (CT scan, Morphological Magnetic Resonance (MR) Imaging, Permeability MR, Perfusion MR, Spectroscopy MR, Diffusion Tensor Imaging, dan MR Blood Oxygen Level Dependent), (7) data bedah medis, (8) data diagnosis histologis, dan (9) data terapi medis; (b) opsi-opsi yang tersedia untuk data CT scan (misalnya, lokasi dan penggunaan peningkatan kontras); (c) opsi-opsi yang tersedia untuk bedah medis (misalnya, tanggal melakukan biopsi dan tanggal dilakukannya reseksi tumor secara total/spasial); dan (d) opsi-opsi yang tersedia untuk terapi medis (misalnya, jenis terapi dan jenis kemoterapi).

Tumor Engine

Instrumen penting bagi para dokter dan peneliti yang menggunakan BT-DB adalah alat/perangkat tumor engine. Di sini, dimungkinkan untuk mengambil informasi mengenai semua tumor, dengan pula melihat artikel-artikel yang relevan pada PubMed (http://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/). BT-DB dapat dikoneksikan dengan remote server untuk mengunggah informasi mengenai tumor. Data tersebut dapat diambil untuk setiap tumor dan definisi tumor berdasarkan ICD-O CODE dan klasifikasi WHO pada tahun 2010 disertakan. ICD-O merupakan ekstensi atau perluasan domain yang spesifik dari International Statistical Classification of Disease and Related Health Problems untuk penyakit tumor, sementara klasifikasi WHO merupakan salah satu komponen dari kombinasi kriteria yang digunakan dalam klasifikasi histologis untuk memprediksi hasil dan respon terhadap terapi. Saat ini, penilaian WHO banyak digunakan, setelah tergabung atau sebagian besar menggantikan penggunaan sistem penilaian lainnya yang dipublikasikan sebelumnya.¹¹

Gambar 3. Tampilan diagnosis histologis. Pada halaman ini, pengguna dapat melihat informasi spesifik dari tumor. Nama, ICD-O code, klasifikasi WHO, definisi, dan tautan Wikipedia untuk tumor yang dipilih dihasilkan/dikeluarkan dari database.

Kesimpulan

Saat ini, database merupakan alat/perangkat yang penting di berbagai bidang yang berbeda, seperti pengobatan, bioinformatika¹², dan ilmu saraf. Dalam studi ini, kami menggambarkan penerapan sebuah database yang dikembangkan untuk mengumpulkan dan mengambil data pasien dengan BT. Untuk membangun database ini, digunakan MySQL, PHP, serta HTML, dan oleh karena itu, database ini dapat dengan mudah diakses melalui berbagai browser web.Pendekatan berbasis web ini memberikan penggunaan potensial database oleh berbagai institusi.

Karena data yang disimpan di dalam BT-DB berisikan PHI, kami mengimplementasikan sejumlah perlindungan keamanan yang melakukan kontrol akses terhadap database dan mengatur tingkatan-tingkatan akses yang berbeda. Kemampuan penelusuran setiap akses terhadap database difasilitasi dan harus mencegah atau melemahkan akses tanpa izin. Menyadari bahwa perlindungan ini dapat menghambat akses terhadap database dalam situasi darurat, kami juga menerapkan modalitas untuk akses darurat.

Gambar 4. (a) Tampilan mesin pencarian database. Pengguna dapat mengambil informasi pasien berdasarkan nama, nama keluarga, umur, dan tanggal lahir atau dengan menggunakan kombinasi- kombinasi berbeda dari variabel-variabel yang dapat dimasukkan ke dalam bidang pencarian, menggunakan Boolean logic. BT-DB dapat menunjukkan statistik-statistik berbeda: misalnya (b) statistik umur pasien, (c) asal departemen, dan (d) tanggal pasien dirawat di rumah sakit. Informasi berbeda (seperti rata-rata, standar deviasi, dan median) dan plot-plotnya dihasilkan.

Salah satu permasalahan yang dihadapi dengan database adalah ia tidak berguna jika seluruh data yang diperlukan tidak diisi/dimasukkan atau jika data yang dimasukkan tersebut tidak benar. Desain database harus meminimalisir resiko kesalahan entri data. Untuk alasan ini, dalam GUI dari BT-DB, variabel-variabel klinis dan neuroradiologis, sedapat mungkin, distandardisasi dan disediakan pemilihan dengan radio button atau menu pulldown.

Karena bidang diagnosis dan perawatan/pengobatan dari BT berkembang secara cepat, database harus bersifat fleksibel dimana administrator dapat dengan mudah melakukan upgrade terhadap beberapa bidang utama dari database. Selain itu, kustomisasi lengkap struktur database selalu dimungkinkan, karena BT-DB bebas/gratis dan merupakan open source.

Mesin pencarian pada database memungkinkan pengambilan data yang tersimpan di dalam database dengan menggunakan pencarian GUI yang sederhana. Pengguna dapat mengambil informasi di seluruh bidang, termasuk di dalam database untuk mengumpulkan infromasi dengan mudah serta menjawab pertanyaan-pertanyaan klinis ataupun teknis. Kombinasi berbeda dari variabel dapat pula dimasukkan ke dalam bidang pencarian dengan menggunakan Boolean logic.

BT-DB dapat digunakan tidak hanya untuk aktivitas yang sifatnya klinis, melainkan juga untuk tujuan penelitian. Statistik-statistik (misalnya, nilai rata-rata, standar deviasi, median, nilai min, dan max) serta plot-plot yang berbeda dapat dihasilkan secara otomatis dari database.

Kesimpulannya, BT-DB gratis/bebas, dan, dengan demikian, dapat menjadi salah satu alat/perangkat penting untuk tujuan klinis dan penelitian yang membantu para dokter dalam pekerjaannya. Source code GUI dan manual dari BT-DB secara bebas/gratis tersedia bagi publik umum dan dapat diunduh dari http://tumorsdatabase.altervista.org.

Pendanaan

Penelitian ini tidak menerima hibah spesifik dari instansi pendanaan mana pun yang ada di kalangan masyarakat, komersil, atau sektor “tidak menarik keuntungan”.

[Download not found]

Download